Компания «ЭНКА Системс» была образована в 2017 г. как дочернее предприятие компании «ЭНКА» для удовлетворения потребностей в программном обеспечении компаний, осуществляющих крупномасштабные, глобальные проекты. Компания была утверждена Министерством науки, промышленности и технологий Центром исследований и разработок.
В течение года «ЭНКА Системс» выпустила на рынок шесть пакетов программного обеспечения.